SHOTBOT

Le botulisme est une maladie neurologique causée par les neurotoxines botuliques (BoNT). Le botulisme animal est principalement dû à la BoNT C/D, D/C, C et D, produite par Clostridium botulinum groupe III. L'isolement de cette espèce est difficile, ce qui entraîne l'impossibilité d'appliquer l'approche actuelle couramment utilisée pour d'autres pathogènes. Pour résoudre ce problème, il a été question d'utiliser un séquençage indépendant de l'isolement pour comparer les échantillons collectés lors d'épidémies. Aucune étude utilisant cette stratégie pour le botulisme n'a été publiée à ce jour

Le séquençage direct du génome sans passer par les étapes fastidieuses d'isolement est en cours de développement pour de nombreux pathogènes et semble pertinent pour Clostridium botulinum groupe III

La métagénomique shotgun est de plus en plus utilisée, notamment pour le suivi de souches et la caractérisation d'échantillons. Des partenaires italiens ont testé cette approche en utilisant des échantillons fécaux de nourrissons collectés lors d'une épidémie de botulisme humain et des échantillons collectés lors d'une épidémie de botulisme animal. Les résultats préliminaires sont prometteurs et certaines séquences de botulinum ont été récupérées, suggérant que l'approche par métagénomique shotgun mérite d'être plus amplement explorée

1. Choisir une souche non toxique et une souche toxique de botulinum, les repiquées séparément sur foie aviaire, et optimiser les méthodes d'enrichissement et d'extraction d'ADN afin d'obtenir le plus de séquences possible

2. Contrôler les extractions ADN par real-time et digital PCR et séquencer la souche non toxique

3. Identifier des pipeline pour pouvoir détecter et identifier la souche non toxique

4. En cas de succès, tenter d'identifier et de différencier une à plusieurs souches différentes de botulinum au sein d'un échantillon sur des matrices de plus en plus complexes