PAMPACPO (Terminé)

Ce projet prévoie de faire émerger chez les oiseaux des candidats additifs alimentaires, de révéler des déterminants microbiologiques et métabolomiques de contenus intestinaux mais également des déterminants physiologiques que la littérature a associé à la colonisation de Campylobacter

La mise en place d’essais en animaleries vise à concrétiser des données de la littérature sur des critères zootechniques, d’effet d’additifs alimentaire, et enfin d’excrétion du pathogène. La composition et la structure du métabolome sérique et intestinal des différents groupes d’oiseaux (positifs vs négatifs, traités ou pas avec un additif alimentaire) seront comparées, et les métabolites ayant le plus d’importance dans la différenciation de ces groupes seront identifiés

Les différents groupes d’animaux pourront également être comparés sur la base de la composition et de la structure de leur microbiote, et les taxons significativement associés à ces groupes pourront être identifiés. Finalement, l’existence de liens sous forme de biomarqueurs entre les variations de microbiotes et de métabolomes seront recherchés

1. Faire émerger grâce à une revue systématique de la littérature, des modulateurs de microbiotes intestinaux dans le contexte de relations de cause à effet du portage asymptomatique de Campylobacter

2. Mettre en évidence ces relations par l’acquisition et l’analyse de données métagénomiques 16S, obtenues à partir de prélèvements intestinaux et sériques d’oiseaux

3. Mettre en évidence ces relations par l’acquisition et l’analyse de données métabolomiques 16S, obtenues à partir de prélèvements intestinaux et sériques d’oiseaux

4. Déterminer des biomarqueurs propres à des données de natures diverses, pouvant possiblement mettre en avant des liens entre le métabolome et le métagénome