DIVERSA
Le projet
La maîtrise des pathogènes alimentaires en production primaire reste un enjeu de santé publique majeur. Les données de surveillance de toxi-infections d’origine alimentaire confirment une place importante de la filière avicole et de Salmonella dans l’apparition de ces maladies
La production de poulet de chair peut bénéficier de stratégies de modélisation par une représentation sous forme d’un réseau fonctionnel. Greffer sur ce réseau la circulation d’un pathogène à portage asymptomatique chez l’animal représente une avancée scientifique pour cette production
L’hypothèse forte de ce projet de thèse est qu’une part importante de la maîtrise de Salmonella sur les produits alimentaires d’origine avicole passe par une maîtrise de la circulation du pathogène en amont de l’abattage. La vision de traçabilité actuellement utilisée pâtit du manque de prise en compte des échanges entre secteurs de production. L’expérience française en la matière soutient cette hypothèse et permet de confirmer le besoin d’une vision d’emblée systémique au problème posé pour atteindre les derniers pourcentages de maîtrise en production
Compte tenu d’une prévalence importante attendue dans les différents secteurs de la filière au Québec, il est attendu au cours de cette thèse : 1) d'obtenir une vision exhaustive de la diversité des Salmonella présentes dans chaque secteur ; 2) De décrire l’intensité de circulation vers l’abattoir ; 3) D'établir une modélisation des relations organisationnelles qui concourent à une diffusion favorisée de Salmonella dans la filière, sur laquelle sera greffée la circulation du pathogène
Les objectifs de ce projet sont les suivants :
1. Echantillonner des souches de Salmonella sur le terrain au Québec en filière avicole et analyser leur variabilité par méthode CRISPR-SeroSeq
2. Caractériser moléculairement une partie des isolats récoltés par WGS en s'appuyant sur le core genome MLST et sur des analyses complémentaires dédiées afin de déterminer la diversité des populations des pathogènes, leur circulation et leur origine et enfin d’établir des hypothèses de liens fonctionnels entre les secteurs de production avicole
3. Réaliser une analyse en réseau non orientée afin de représenter l'intensité de cette circulation
