CPE
Le projet
Clostridium perfringens est une bactérie à tropisme intestinal dont certaines souches sont responsables de toxi-infections alimentaires (au 2ème rang aux USA et au Canada et au 5ème en France). En effet, on dénombre 1 million de cas par an aux USA avec un coût de lutte/prévention moyen pouvant aller jusqu’à 400 millions de dollars par an.
La présence de Clostridium perfringens peut être détectée par le ciblage du gène ubiquitaire cpa dans les échantillons alimentaires. Malheureusement, la détection de ce gène seul ne permet pas de distinguer les souches à potentiel pathogène parmi l’ensemble des C. pefringens présents.
Chez ces souches pathogènes, il existe un gène nommé cpe, d’origine chromosomique ou plasmidique, dont l’expression est symptomatique de leur présence. En France et notamment pour des campagnes de dépistage épidémiologiques, la mise en application d’une approche visant à détecter et isoler ces souches virulentes porteuses de ce gène n’est pas encore complètement maîtrisée.
Les objectifs de ce projet sont les suivants :
1. Limiter par une approche novatrice développée à la CRSV (Québec), la fréquence de détection de Clostridium perfringens cpe+ sur de la peau de poulet
2. Détecter par une approche de métagénomique shotgun, le génome de Clostridium perfringens cpe+ à partir d’un enrichissement et surtout déterminer la capacité de détection selon la proportion de souches virulentes parmi celles avirulentes
